Un bassin versant est une zone drainant toutes les précipitations dans un réseau hydrographique, qui les achemine ensuite dans un réservoir naturel commun tel un lac ou la mer. On dénombre deux bassins fluviaux principaux au Nunavut : celui de la rivière Thelon qui se jette dans la baie d'Hudson, et celui de la rivière Back, qui coule dans l'océan Arctique. Toutefois, la plus grande partie du Nunavut n'est pas drainée par des fleuves; l'eau s'y écoule plutôt directement dans l'océan par de petits cours d’eau.
Le Canada comprend cinq bassins océaniques principaux : ceux des océans Atlantique, Arctique et Pacifique, de la baie d’Hudson et du golfe du Mexique. On en trouve deux au Nunavut : l’Arctique et la baie d’Hudson. En outre, le Nunavut compte deux bassins fluviaux principaux : celui de la rivière Thelon dont deux des plus importants affluents sont les rivières Kazan et Dubawnt, s’écoulent vers la baie d’Hudson; et celui de la rivière Back qui se déverse dans l’océan Arctique. Toutefois, la majeure partie du Nunavut n’est pas drainée par des cours d’eau importants; au lieu de cela, l’eau coule directement vers l’océan par des rivières et cours d’eau de taille modeste.