Les écozones représentent l'un des nombreux niveaux de régions écologiques qui recouvrent le Canada. Une écozone est un système distinct qui est la résultante de l'interaction de la géologie, de la topographie, du sol, de la végétation, du climat, de la faune, de l'eau et des facteurs humains. Le Nunavut compte quatre des quinze écozones terrestres du Canada : le Haut-Arctique, le Bas-Arctique, la Cordillère arctique et la Taïga du Bouclier.
On trouve quatre des quinze écozones terrestres du Canada au Nunavut.
La plus grande partie du territoire est située dans le Haut-Arctique, région non montagneuse aux hivers obscurs où il peut neiger toute l’année. Cette écozone présente les paysages les plus froids et les plus secs du Canada. Le sol est recouvert de neige de septembre à juin, bien que la précipitation totale annuelle soit inférieure à 200 centimètres. Pendant le court été le soleil brille presque 24 heures par jour et la paysage dénudé est parsemé de fleurs colorées. Cette région est habitée par les peuples de l’Arctique depuis plus de 5000 ans. Les principales activités économiques de cette écozone peu peuplée restent la chasse, le piégeage et la pêche.
Les plus hauts sommets s’élèvent dans la Cordillère arctique, le long de la bordure orientale du Nunavut. Le point culminant est le pic Barbeau, sur l’île d’Ellesmere, qui atteint 2616 mètres. Caractérisée par des paysages de glace et de roches battus par le vent, cette écozone est presque dépourvue de plantes et d’animaux, à l’exception des poches de prairie de toundra, où apparaissent durant le bref été, arbrisseaux rampants et fleurs multicolores. Par contraste, la vie marine y est très riche. On trouve dans les fjords et le long du littoral des populations de baleines boréales, de narvals et d’ours polaires. Les parcs nationaux d’Ellesmere et d’Auyuittuq ont été créés afin de préserver ces paysages spectaculaires pour les générations futures. Cette écozone est la moins peuplée du Canada.
Le Bas-Arctique se caractérise par ses nombreux lacs, qui sont entourés de prairies humides à carex et de vastes étendues de broussailles. Cette écozone constitue une importante zone de transition végétale entre la forêt de taïga, au sud, et la toundra arctique sans arbres au nord. Une abondance de grands mammifères tels que le caribou, le boeuf musqué, l’ours polaire et l’orignal attire les chasseurs dénés et inuits depuis des milliers d’années. L’économie locale s’appuie encore largement sur la chasse, le piégeage et la pêche de subsistance.
La partie sud-ouest du Nunavut est située dans la Taïga du Bouclier. Le terme « taïga » désigne l’extrémité nord de la forêt de conifères boréale, parfois surnommée « terre des arbres nains ». Combinant la flore, la faune et les climats boréaux et arctiques, cette région riche en gibier et en minéraux est peuplée depuis plus de 7000 ans. L’abondance de l’eau dans la Taïga du Bouclier attire des centaines de milliers d’oiseaux qui viennent pour y nicher ou pour se reposer et se nourrir en route vers les aires de reproduction arctiques.