Les parcs et les aires protégées du nord du Canada sont gérés par les gouvernements fédéral et territoriaux. Le gouvernement fédéral a créé de nombreux programmes pour les aires protégées, dont le mieux connu demeure le réseau des parcs nationaux, administré par l’Agence de Parcs Canada. Le Service canadien de la faune (Environnement Canada) est responsable des refuges d’oiseaux migrateurs et des réserves nationales de faune. Le gouvernement du Nunavut est aussi responsable de l’administration de programmes de protection d’aires du patrimoine naturel et culturel, et d’espaces à vocation récréative et touristique.
Une des conditions préalables à la création de nouveaux parcs nationaux, d’aires de conservation et de parcs territoriaux dans le Nunavut est la négociation d’Ententes sur les répercussions et les avantages pour les Inuit (ERAI), conformément à l’Accord sur les revendications territoriales du Nunavut (1993). Les gouvernements du Canada et du Nunavut ont conclut une entente sur trois parcs nationaux en 1999. Le gouvernement du Nunavut négocie également des ERAI sur des parcs territoriaux et des aires de conservation qui existaient déjà au moment où l’Accord de 1993 a été ratifié.
Il existe toutefois d’autres parcs et aires protégées dont la gestion est assurée par les gouvernements territoriaux. Le Refuge faunique Thelon est mentionné ici puisque c’est le plus grand et le plus isolé des refuges fauniques d’Amérique du Nord avec une superficie de plus de 55 000 kilomètres carrés. Établi en 1927, il chevauche la frontière du Nunavut et des Territoires du Nord-Ouest et sert d’habitat à une grande diversité de végétation et faune sauvage dont les aires de mise bas des Caribous Beverley. De plus, orignaux, bœufs musqués, grizzlys et plus de 80 espèces d’oiseaux vivent dans le refuge. Il protège aussi une longue histoire d’occupation humaine avec des sites archéologiques datant de jusqu’à 6000 avant Jésus-Christ.
Les cinq cartes incluses dans cette section illustrent les aires protégées de compétence fédérale qui se trouvent au Nunavut. Ces cartes situent les parcs nationaux, les lieux historiques nationaux, les réserves nationales de faune, les refuges d’oiseaux migrateurs et les rivières du patrimoine canadien.